Le premier des tomes commence avec Alex Rider, un orphelin de quatorze ans, du même nom que la série, qui apprend que son tuteur légal et oncle, Ian Rider, est mort dans un accident de voiture. Intrigué par les circonstances de la mort de son oncle, Alex décide d’en savoir plus et apprend qu'Ian a été tué alors qu’il travaillait pour le MI6. Le MI6 recrute Alex et le place dans un camp d’entraînement au SAS, avant de l’envoyer continuer l’enquête de son oncle sur Herod Sayle, un homme d’affaires libanais. Terminant sa mission avec succès, le MI6 va continuer à trouver des moyens de faire chanter Alex pour qu’il continue à travailler pour eux, et pour d’autres agences de services secrets. Le MI6 continue d’insister qu’ils veulent simplement se servir de ses facultés de déductions, mais Alex en apprend souvent trop et doit se battre pour se sortir d’affaire. Pendant ses missions, Alex découvre que de nombreux membres de sa famille ont travaillé pour le MI6, à savoir, son père, son oncle, et son parrain. Alex a également travaillé pour la CIA et l’ASIS.
Alan Blunt, à la tête des opérations spéciales du MI6, et son assistante Mrs Jones apparaissent souvent pour donner des instructions à Alex.
La série est similaire à James Bond d’une certaine manière, puisque les agents du MI6 sont également des personnages principaux. L’un des principaux antagonistes dans la série est l’organisation Scorpia, similaire à SPECTRE dans James Bond, et Alex est souvent équipé de nombreux gadgets fournis par le MI6 (par exemple une Montre avec un mouchard GPS pour le retrouver où qu'il soit, des pièces de monnaie explosives ou encore une game boy qui permet d'écouter les conversations à distance ou un vélo avec un siège éjectable). De plus, Robbie Coltrane, l'acteur jouant le rôle du premier ministre anglais dans le film a aussi joué dans plusieurs James Bond
Dans le quatrième tome, Jeu de tueur, Alex pense que le célèbre Damian Cray prévoit quelque chose de mal, mais le MI6 refuse de